تفاوتهای ژنومی E . Coli جدا شده از مرغ با نمونه های جدا شده از منابع چندگانه آبزی ، ارزیابی شده توسط PCR

تفاوتهای ژنومی E . Coli جدا شده از مرغ با نمونه های جدا شده از منابع چندگانه آبزی ، ارزیابی شده توسط PCR

 

مقدمه :

تفاوتهای ژنومیک زنجیره های E . Coli ، جداشده از مرغهای آلوده در محدوده حیدرآباد هند با زنجیره های E . Coli نمونه های منابع چند گانه آبزی بررسی شد .

 

توضیحات :

در این ارزیابی از روشهای ERIC و PCR استفاده شد . روش ERIC آزمایشی است که توالیهای تکراری را در DNA شناسایی میکند .

خصوصیات بدست آمده از ژنوم E . Coli بررسی شدند . در این آزمایش تعداد 47 E . Coli مختلف از لاشه مرغها جدا گشت . در این آزمایشها مشخص گشت که آنتی ژن "O" ، آنتی ژن مشترک میان چهارده سروتیپ مختلف E . Coli میباشد .

در این آزمایش نوزده نوع مختلف E.Coli از منابع آبزی بدست آمد . منابع آبزی مورد آزمایش عبارت بودند از :

ü      لاشه های ماهی های آب تازه .

ü      شاه میگوها .

ü      ماهیهای تازه موجود در آب شیرین .

این آزمایش نشان داد که برخی از منابع آبی ، حجم عظیمی از E . Coli را در خود نهفته ساخته است .

این نمونه ها بصورت جداگانه ، با استفاده از الکتروفورز PCR  و در شرایط ژل آگاروز مورد آزمایش قرار گرفتند .

بعلت تنوع نمونه های داخل ژنومی ، آزمایشها با استفاده از نرم افزارهای استاندارد و بصورت جداگانه مورد بررسی قرار گرفتند .

بررسی نمونه ها با این نرم افزارها مشخص ساخت که در نمونه های آبزی ، میانگین تشابه ژنومها به هم برابر با 39.9 درصد است . همچنین میزان این شباهت در نمونه های مرغها برابر با 49.2 درصد بود .

جمع آوری و بررسی نمونه ها ، گواه بر این نکته بود که در منابع آبی بسیاری از سروتیپهای E . Coli میتوانند وجود داشته باشند .

میزان وجود E . Coli در ارگانهای مختلف مرغ عبارت بودند از :

میزان بدست آمده از کیسه های هوایی : 57.6 درصد .

میزان بدست آمده از قلب : 55.6 درصد .

میزان بدست آمده از کبد : 71.4 درصد .

منابع بدست آمده میتوانستند در یک دسته خاص مانند UPGMA ، DICE و یا شاخه فیلوژنیک جمع شوند .

در این آزمایشات مشخص شد که ERIC PCR میتواند با دقت نمونه های E . Coli بدست آمده از مرغ را از هم تفکیک نماید . این تفکیک ، حتی شامل مواردی میشد که نمونه مورد نظر بین دو سروتیپ مختلف باشد .

 

نتیجه گیری :  

تجربیات حاصل از انجام این آزمایشات نشان داد که :

ERIC . PCR یک ابزار سنجش متودولوژی مناسب برای آزمایش نمونه های متفاوت E . Coli میباشد . این ابزار قادر میباشد که بصورت ژنومیکی ، تفاوتهای آنتی ژنیکی و همچنین زنجیره های رده بندی نشده را در وسعت بالایی مشخص سازد . منابع مورد استفاده میتوانند از مرغ گرفته تا آبزیانی مانند میگو و ماهی باشند .

 

منبع :

Future Articles At Poulvet.com

 

تهیه ، تنظیم و ترجمه :

علیرضا گائینی ، دانشجوی رشته دکترای دامپزشکی ، دانشگاه آزاد اسلامی ، واحد گرمسار .

 

سعی نکنیم بهتر یا بدتر از دیگران باشیم ، بکوشیم نسبت به خودمان بهترین باشیم .

مارکوس گداویر